Les batailles sur l’élection des membres du bureau de l’église s’effectuent surtout dans les coulisses. D’importantes manoeuvres ont été entamées pour écarter le président sortant, le pasteur Lala Rasendrahasina. Ce dernier est en effet réputé proche de l’ancien président malgache, Marc Ravalomanana, et les partisans de l’actuel chef de la Transition, Andry Rajoelina, n’ont pas lésiné sur les moyens pour l’empêcher de continuer à diriger la FJKM.
L’influence des églises chrétiennes sur le monde politique à Madagascar est telle que la bataille est rude pour la présidence de la FJKM. Marc Ravalomanana lui-même est vice-président sortant de cette église réformée. Son nom figure toujours dans la liste des candidats à ce poste, car, toujours en exil en Afrique du Sud, il a envoyé une lettre d’excuse pour son absence au grand synode de Manakara.