Le président de la FJKM, le pasteur Lala Rasendrahasina, dénonce le harcèlement dont cette église réformée fait l’objet. La fermeture de la radio Fahazavàna a en effet débouché sur la mise en garde à vue de six de ses employés.
La mort du pasteur Ranaivo Rivo Arison, tué par balle lors de l’affrontement au camp de la FIGN, a en outre suscité la colère chez les dirigeants de la FJKM.
La grande majorité des initiateurs du mouvement des leaders religieux sont issus de l’église FJKM, et cela n’a jamais été du goût de la Haute Autorité de la Transition. Sans oublier que Marc Ravalomanana était le vice-président laïque de cette église réformée. La relation est en tous cas très tendue entre la HAT et la FJKM, depuis le coup d’Etat de mars 2009. Et la situation n’a pas réellement évolué depuis.