Depuis presque dix ans, c’est le pasteur Lala Rasendrahasina, réputé proche du chef d’Etat déchu Marc Ravalomanana qui est président de cette église réformée. Les partisans de l’actuel régime de transition attendent ce moment pour tenter de le détrôner. Le pasteur Rasendrahasina n’est pas le seul à être dans le collimateur des partisans du chef de la transition Andry Rajoelina. Le vice-président laïque de la FJKM est en effet Marc Ravalomanana lui-même. Ses adversaires pensent l’empêcher de se présenter de nouveau à ce poste.