La liste électorale a été incriminée par le CNOE. De trop nombreux électeurs ne figurait pas dans la liste, malgré des recensements effectués au niveau des quartiers.
Les observateurs électoraux ont déploré également le fait que durant le jour du vote, les délégués du « Non » étaient pratiquement inexistants dans la plupart des bureaux de vote.
Les remarques formulées par le CNOE n’étaient pas du tout du goût des partisans de la Haute Autorité de la Transition. Pour se justifier, les défenseurs du régime de Transition se limitent à énumérer des anomalies constatées au cours d’élections organisées sous la présidence de Marc Ravalomanana.